Download e-book for kindle: Bioinformatik: Ein Leitfaden fur Naturwissenschaftler by Andrea Hansen

By Andrea Hansen

Locker und leicht verstandlich geschrieben fuhrt dieser Leitfaden in die Grundlagen und Moglichkeiten der Sequenzanalyse ein.

Das Buch beginnt mit einer Einfuhrung in die wichtigen Sequenzdatendatenbanken am NCBI und EMBL sowie in die wachsende Zahl der Motivdatenbanken. Anschlie?end werden die einfachsten Methoden des paarweisen Sequenzvergleiches in globalen und lokalen Alignments beschrieben sowie die gangigsten heuristischen Verfahren der Datenbanksuche (FASTA und BLAST). a number of Alignments, Substitutionsmatrizen und die Berechnung phylogenetischer Baume werden dem Leser nahe gebracht. Neu hinzugekommen sind auch Erlauterungen der Prinzipien der Genomanalyse und der gangigsten Algorithmen zur Genvorhersage. Zu jeder Methode werden Online-Tools im net oder freie software program angegeben.

Das Buch richtet sich an Anwender und Einsteiger in die Bioinformatik, speziell Studenten und Forscher, die sich mit der Sequenzanalyse auseinandersetzen mussen.

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1 Block Maker Der Block Maker von Steven und Jorja Henikoff [Henikoff and Henikoff, 1991] macht aus einem Satz von Sequenzen definierte Blöcke, die gemeinsame Motive besitzen und keine Gaps haben. , 1990] zugrunde. Smith definiert ein Motiv als ein Muster, das innerhalb eines multiplen Alignments mehrmals auftaucht. Haben es alle untersuchten Sequenzen, so ist es ein stringentes Muster, taucht es nur in einigen auf, wird es als degeneriert bezeichnet. Ein Muster besteht aus mindestens 3 Aminosäuren: A I -A 2 -A 3 .

Ausdehnung der Hits - High Scoring Pairs (HSP) Gibt es einen zweiten Hit, so werden beide Hits solange bidirektional ausgedehnt , bis sich der Score nicht mehr erhöhen läßt. Hits mit einem Score über dem Schwellenwert S (cutoff score) werden als high scoring pairs, kurz HSPs, bezeichnet. In der alten BLAsT-Version [Atschul et al. , 1990] waren bei diesem Schritt keine Gaps zugelassen. , 1997] erlaubt Gaps und so auch die Verknüpfung der HSPs. 2 4. HEURISTISCHE METHODEN ZUM SEQUENZVERGLEICH Bit Score und E-Wert Der Score der HSPs wird aus der Summe der Einzelscores berechnet.

Gruppen mit eng verwandten Sequenzen bekommen einen kleinen Wert, einzeln stehende Sequenzen mit einer großen Distanz zu allen anderen einen hohen Wert. 442. Das ist der längste Ast im Baum, weil die Sequenz die größte Distanz zu den anderen hat. 3) . 1. GLOBALE MULTIPLE ALIGNMENTS 61 1 Seq 1 - 0 0 seq 2 0,17 Seq 3 0 , 59 O, fiO Seq 4 0 , 5' 0,59 O, ll Seq 5 0,77 Seq 6 0,81 0,82 O. 7J 0 , 7. 0 . 80 Seq 7 0 . 81 0 . 77 0 , 15 0 . ,. I Seq 7 3 0 . 226 0 . 061 0 . 194 0 . 203 0 . 389 WUrzel 0 . 391 0 .

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